Also Atlas ist in Wirklichkeit Frank Fontaine, einer der Obermacker von Rapture, er ist so ziemlich der adamsüchtigste Splicer im gesamten Spiel wie man zum Schluss bemerkt, und er kontrolliert dich am Anfang des Spiel mit den Worten "Wärst du so freundlich" Du bist in Rapture geboren worden und bist ein Experiment, und diese Worte sind dir einprogrammiert worden dadurch lassen sich deine Gedanken kontrolliern (also im Spiel wird das dadurch geregelt dass du normalerweise keine andere Wahl an der Stelle hast, und halt selbstverständlich "so freundlich bist" und es machst

) Genauso einprogrammiert worden sind dir die Erinnerungen an deine Eltern so wie der Flugzeugabsturz, das hat nie stattgefunden.
Abgehen tut der nachdem du Andrew Ryan getötet hast, der deckt erstmal das mit der Gedankenkontrolle auf, bevor er sich von dir selbst töten lässt (das passiert in einer Videosequenz also kann man nichts dagegen tun.) Danach will Atlas dir ans Leder, was genau er sagte weiß ich nicht mehr, da er ziemlich leise gesprochen hat und die Hintergrundgeräusche sehr laut waren, also kann ich da auch nich so genau helfen. Aufjeden fall will er dich umlegen.
Und du bist wie gesagt ein Experiment, wurdest da geboren und er hat auch was damit zu tun dass du überhaupt lebst